- Trường Trung học phổ thông Chuyên Bến Tre được thành lập theo quyết định số 121/UB – QĐ ngày 15/02/1990 của UBND tỉnh Bến Tre. Quyết định số 121\UB-QĐ nêu rõ: "Nay thành lập trường Phổ thông trung học Chuyên của tỉnh Bến Tre, đặt tại cơ sở của trường Cán bộ quản lý giáo dục tỉnh".

- Ngày 21/6/1990 Sở GD-ĐT ra quyết định bổ nhiệm thầy Phan Văn Song, cán bộ phòng Phổ thông - Sở Giáo dục Bến Tre, giữ chức vụ Phó hiệu trưởng - Quyền Hiệu trưởng trường Phổ thông trung học Chuyên tỉnh Bến Tre.

- Trường Trung học phổ thông chuyên Bến Tre ban đầu đặt tại cơ sở cũ của Trường cán bộ quản lý giáo dục (trường Tư thục Bồ Đề cũ - trong khuôn viên chùa Viên Minh) và khai giảng năm học đầu tiên theo hệ chuyên vào tháng 10/1990. Ban đầu trường chỉ có vài phòng học với hai lớp gồm 57 học sinh của lớp 10 và lớp 11, 10 cán bộ giáo viên công nhân viên.

- Ngày 15 tháng 2 năm 1990, được lấy làm ngày thành lập trường.

- Năm học đầu tiên 1990 - 1991, trường tuyển sinh 3 lớp (1 lớp 10 Toán, 1 lớp 10 Văn và 1 lớp 11 Toán).

- Năm học 1991 - 1992, trường có tất cả sáu lớp (4 lớp 10 A, B, C và D, 2 lớp 11 A và C, 1 lớp 12 A). Cuối năm học này lứa học sinh đầu tiên của nhà trường ra trường đỗ tốt nghiệp 100%.

- Năm học 1992 - 1993, trường tiếp tục tuyển sinh đầy đủ các ban như năm học 1991-92 nâng tổng số lớp lên thành 10 lớp (4 lớp 10 A, B, C và D; 4 lớp 11 A, B, C và D, 2 lớp 12 A và C)

- Năm học 1994 - 1995 trường dời về cơ sở hiện nay.

- Tháng 5 năm 2010, trường long trọng tổ chức kỷ niệm 20 năm thành lập, đón nhận Huân chương Lao động hạng II và bằng công nhận trường Đạt chuẩn quốc gia.[cần dẫn nguồn]

- Hiện nay, hằng năm, trường tuyển sinh 8 lớp chuyên với 9 môn chuyên: Toán, Tin học, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Ngữ văn, Tiếng Anh, Lịch sử và Địa lý.